tic 

p.t = 0:.01:500;
p.numSFCells = 1;
p.numDCells = 1;
p.connect_mode = 'all';
p.J_IB = 10;
p.J_SF = 10;
p.J_s = -1.5;
p.J_a = 3;

p

[t S_LTS S_IB_AD S_IB_SO S_IB_A Syn] = runSim(p);


% close all;

V_data_LTS = zeros(size(S_LTS,1),1);
V_data_IB_AD = zeros(size(S_IB_AD,1),1);
V_data_IB_SO = zeros(size(S_IB_SO,1),1);
V_data_IB_A = zeros(size(S_IB_A,1),1);
m_data_IB_AD = zeros(size(S_IB_AD,1),1);



for i = 1:size(S_LTS,3)
    V_data_LTS(:,i) = S_LTS(:,1,i);
end

for i = 1:size(S_IB_AD,3)
    V_data_IB_AD(:,i) = S_IB_AD(:,1,i);
    V_data_IB_SO(:,i) = S_IB_SO(:,1,i);
    V_data_IB_A(:,i) = S_IB_A(:,1,i);
    m_data_IB_AD(:,i) = S_IB_AD(:,5,i);
end

t_new = find(t>=0);
t_new = t_new(1);
V_mod_IB_A = V_data_IB_A(t_new(1):size(V_data_IB_A,1),1:size(V_data_IB_A,2));
V_mod_IB_AD = V_data_IB_AD(t_new(1):size(V_data_IB_AD,1),1:size(V_data_IB_AD,2));
V_mod_IB_SO = V_data_IB_SO(t_new(1):size(V_data_IB_SO,1),1:size(V_data_IB_SO,2));
V_mod_LTS = V_data_LTS(t_new(1):size(V_data_LTS,1),1:size(V_data_LTS,2));
m_mod_IB_AD = m_data_IB_AD(t_new(1):size(m_data_IB_AD,1),1:size(m_data_IB_AD,2));


clear V_data_IB_A V_data_IB_AD V_data_IB_SO
clear V_data_LTS

figure
subplot(3,1,1);
plot(t(t_new:length(t)), [V_mod_LTS]);
legend('LTS');

subplot(3,1,2)
plot(t(t_new:length(t)), [V_mod_IB_AD V_mod_IB_SO V_mod_IB_A]);
legend('Dendrite','Soma','Axon');

subplot(3,1,3)
plot(t(t_new:length(t)), [m_mod_IB_AD]);
legend('Dendrite m');


V_mod_IB_A = V_mod_IB_A -(ones(size(V_mod_IB_A,1),1)*mean(V_mod_IB_A,1));
V_mod_IB_AD = V_mod_IB_AD -(ones(size(V_mod_IB_AD,1),1)*mean(V_mod_IB_AD,1));
V_mod_IB_SO = V_mod_IB_SO-(ones(size(V_mod_IB_SO,1),1)*mean(V_mod_IB_SO,1));
V_mod_LTS = V_mod_LTS -(ones(size(V_mod_LTS,1),1)*mean(V_mod_LTS,1));

window = hamming(size(V_mod_IB_A,1));
ts = t(2)-t(1);

for i = 1:size(V_mod_IB_A,2)
    [P_IB_A_temp(:,i) f] = periodogram(V_mod_IB_A(:,i),window,[],1000/ts);
    [P_IB_AD_temp(:,i) f] = periodogram(V_mod_IB_AD(:,i),window,[],1000/ts);
    [P_IB_SO_temp(:,i) f] = periodogram(V_mod_IB_SO(:,i),window,[],1000/ts);
end

P_IB_A = mean(P_IB_A_temp,2);
P_IB_AD = mean(P_IB_AD_temp,2);
P_IB_SO = mean(P_IB_SO_temp,2);
clear P_IB_A_temp P_IB_AD_temp P_IB_SO_temp;

for i = 1:size(V_mod_LTS,2)
    [P_LTS_temp(:,i) f] = periodogram(V_mod_LTS(:,i),window,[],1000/ts);    
end


P_LTS = mean(P_LTS_temp,2);
clear P_LTS_temp;

f_end = find(f>100);
f_end = f_end(1);

figure
subplot(2,1,1)
semilogy(f(1:f_end),[P_LTS(1:f_end)]);
legend('LTS');

subplot(2,1,2)
semilogy(f(1:f_end),P_IB_A(1:f_end));
legend('IB Axon');

toc
